Le microbiome intestinal des animaux de compagnie compte environ 100.000 milliards de micro-organismes, notamment des bactéries, des champignons, des protozoaires, des archées et des virus. Ces micro-organismes, constituant collectivement le microbiome intestinal, vivent dans le tractus gastro-intestinal (ou tube digestif) de ces animaux, et plus spécifiquement dans leur gros intestin. Ces microbes aident à compléter les fonctions physiologiques et digestives normales influençant la santé de l’animal hôte.
Le microbiome intestinal : un équilibre à respecter
Dans un intestin sain, une communauté équilibrée et saine est une communauté microbienne diversifiée fonctionnant en équilibre avec son hôte pour maintenir la bonne santé de celui-ci. Un déséquilibre du microbiome intestinal peut être causé par divers facteurs, tels que la maladie, l’âge, l’alimentation et les médicaments, en particulier les antibiotiques. Lorsqu’un animal présente un déséquilibre ou une dysbiose, ceci altère certaines fonctions et se reflète sur sa santé. Par exemple, des diminutions de certains microbes dans le gros intestin peuvent entraîner une augmentation des acides biliaires primaires excrétés dans les selles, et une diarrhée chez l’animal.
Bien que la prescription d’antibiotiques soit nécessaire pour le traitement de certaines infections ou de certains symptômes aigus, les vétérinaires prennent en compte désormais et plus fortement l’incidence de ces thérapies au niveau du microbiome intestinal des animaux. En effet, une prescription excessive d’antibiotiques peut entraîner une résistance à ces traitements par la communauté antimicrobienne intestinale.
Les traitements antibiotiques et leur incidence sur le microbiome intestinal
Les connaissances sur le microbiome intestinal et la manière dont les médicaments, y compris les antibiotiques, affectent la diversité globale des micro-organismes présents dans le tube digestif des animaux, sont en croissance continue. Ainsi, savoir dans quelle mesure des antibiotiques à large spectre ont causé l’élimination ou la perturbation de la population des bactéries intestinales natives permet aux vétérinaires de prendre des décisions plus éclairées sur les options thérapeutiques à choisir, avec l’objectif de conserver le microbiome intestinal ou de prendre mieux en compte les principes d’une bonne gestion de ce microbiome.
Ainsi, même lorsque les antibiotiques sont nécessaires pour un animal, il existe des moyens de soutenir la communauté bactérienne intestinale de celui-ci pendant et après le traitement. L’utilisation de macronutriments dans l’alimentation d’un animal est par exemple un moyen d’influencer les microbes dans le tube digestif.
Les analyses du microbiome sont un excellent moyen d’obtenir un instantané de la santé intestinale de chaque animal, d’identifier les causes de la manifestation de certains symptômes, et d’orienter vers des options thérapeutiques les plus efficaces et les moins perturbantes pour le tube digestif de l’animal.
DIAG4ZOO propose des analyses du microbiome des animaux de compagnie et des animaux de rente. Ce type d’analyses a ainsi déjà été réalisé par le passé sur des échantillons issus de productions aquacoles.
Source : Elisabetta Mondo et collaborateurs, Open Vet J. 2019 Jul-Sep; 9(3): 253–258.