Dans un contexte du changement climatique, de sécurité alimentaire et de suivi des populations, DIAG4ZOO a réalisé pour le compte d’une société de production aquacole, des analyses par approche intégrative des communautés virales et bactériennes (microbiomes) présentes dans différents échantillons tels que les œufs, les larves et les poissons (branchies et nageoires par prélèvements non létaux) ainsi que dans l’environnement de l’animal : l’eau. L’analyse de ce microbiome joue un rôle majeur dans la prévention des maladies ou des mortalités, mais surtout dans la qualité de vie du poisson, et donc sa croissance et sa qualité de chair.
Méthode d’analyse du microbiome
Ces analyses de métagénomique sont réalisées en plusieurs étapes :
- extraction et purification des ADNs présents dans l’échantillon,
- qualification des ADN,
- amplification par PCR et séquençage des ADN qualifiés sur les plates-formes à très haut débit de dernière génération,
- analyse bio-informatique et biostatistique des données de séquences.
En fonction des résultats attendus et de la finalité de ces derniers (contrôle inopiné ou mise en place d’un outil de suivi en routine), DIAG4ZOO cible soit une région variable du gène de l’ARN ribosomal 16S porté et codé par l’ADN ribosomique, soit la totalité de l’ADN ribosomique.
Dans la présente étude, la première approche a été mise en place et les séquences métagénomiques ciblées provenant du microbiome ont été analysées en utilisant le pipeline bioinformatique établi par DIAG4ZOO.
Ce travail a ainsi permis d’identifier la structuration des communautés procaryotes, aussi appelées unités taxonomiques opérationnelles (OTU), dans les différents échantillons.
Le résultat est une classification des lectures à plusieurs niveaux taxonomiques : phylum, classe, ordre, famille, genre et espèce.
Plus généralement, l’équipe scientifique de DIAG4ZOO possède une expérience importante dans les approches de Barcoding et de Metabarcoding, techniques basées sur l’extraction et le séquençage à haut débit de l’ADN, contenu dans plusieurs échantillons, même hétérogènes, avec de multiples applications : détection de pathogènes, d’espèces invasives, suivi de groupes taxonomiques, étude de régimes alimentaires…